在无神论者的眼里，神学是与科学冲突的。所以一般的无神论者都非常困惑，向牛顿这样的大科学家为什么晚年去研究神学。于是给他扣了一个帽子，反动、退化。于是哀叹，牛顿聪明一世，糊涂一时。只能归咎于当时科学理论及技术的限制，使牛顿对自己困惑的问题始终无法解答，只能到神那里获得少许安慰。
以上的说法只是中国大陆的版本，为了维系无神论的意识形态。但实际情况究竟怎样呢？
首先，不容置疑的是牛顿是在当时教会的支持下进行科学研究的。牛顿所在的科学研究机构其实是神学院里的一个学院。当时在欧洲所谓的大学都是神学院，在神学院里还会分出科学研究院。
那么神学院为什么会附设科学院呢？这源于《圣经.罗马书》中的启示。《罗马书》1:19  神 的 事 情 ， 人 所 能 知 道 的 ， 原 显 明 在 人 心 里 。 因 为 神 已 经 给 他 们 显 明 。 　
1:20  自 从 造 天 地 以 来 ， 神 的 永 能 和 神 性 是 明 明 可 知 的 ， 虽 是 眼 不 能 见 ， 但 藉 着 所 造 之 物 ， 就 可 以 晓 得 ， 叫 人 无 可 推 诿 。 　
意思是说，人透过一切被造物也能间接的了解到上帝。即所谓一切真理都是上帝的真理，不管《圣经》中启示的真理还是自然界中启示出来的自然规律都是上帝的真理。为此在中世纪经院哲学中有神学家托马斯.阿奎那发展出了自然神学。说的是，人可以通过自然启示来认识上帝。尽管自然神学被现代神学视为偏颇，但当时有他的进步意义。所以中世纪，人们为了更加认识上帝，而致力于自然科学的研究。翻看历史你会发现很多大科学家都是教士，如哥白尼、布鲁诺等。牛顿就是其中最杰出的一位。
事实上推动牛顿科学研究的原动力就是对上帝真理的渴望，他强烈的希望更多的认识上帝，他研究科学就是在研究上帝。如今许许多多的基督徒科学家也是抱着这样的渴望去研究的。而且他们成果斐然。
牛顿是一个虔诚的基督徒，他这样研究上帝的真理，在他看来研究科学与研究神学没有多大区别。只不过一个是捧着《圣经》，一个是观察自然，但都是对真理的追求。自然，在他对科学研究到一定的程度的时候，他的神学思想也逐渐成熟，所以在他晚年著述了大量神学著作。
今天，许多无神论者将神学与科学脱钩，并认为对上帝的信仰与科学冲突，或者阻碍对科学的研究，这在那个时代是不可思议的。如果你与牛顿当面对峙，我想他一定会问你“你不相信上帝，怎么可能研究科学呢？”
事实是，今天很多人下结论说对上帝的信仰与科学是冲突的结论时是盲目的，无知的，也不符合科学的方法。
他们往往采用的论据是天主教教会对哥白尼、布鲁诺的迫害。但教皇本身不能完全代表上帝，代表上帝的观点。哥白尼和布鲁诺遭迫害更直接的原因是他们对教皇的藐视，而非他们的研究结果。有教会档案的证据表明当时的教皇本来准备承认他们的结论，但由于其它神学观点的冲突导致他们最后的决裂。
事实上象地心说这样的伪科学并非源自《圣经》，而是源自亚里斯多德的理论。在早期教会，大量借鉴了古希腊的哲学和科学研究。这直道马丁路德推动的宗教改革以后才逐渐得到改变。
我谨以本人所了解的内容为大家提供一些借鉴